結垢造成RO膜性能的損失不如懸浮物或微生物污染那樣常見。這主要是由于對結垢的形成相對容易控制，或者采用適當預處理即可消除。一旦發生結垢，應視膜種類、垢的類型及其數量，采取必要的措施。
如形成CaCO3垢時，許多系統均可通過增加系統酸量簡單清洗掉，或使酸溶液循環。對復合膜，可依靠加阻垢劑，防止硫酸鈣的形成；對CA膜，利用阻垢劑防止硫酸鈣形成時，加入量一定要足夠，因為一旦發生CaCO3結垢，結垢區域的高pH值會加快CA膜的水解，通常Ca膜在CaCO3結垢數天后，即會發現脫鹽率下降。各種阻垢劑比較如下：
1、常見的阻垢劑：許多常用的阻垢劑由含羧酸基或磷酸根基團的分子組成。低分子重量的聚丙烯酸酯分子含有多個羧酸基團，它們能極好阻止碳酸鹽垢的形成，但作為分散劑作用上有一定局限。
2、六偏磷酸鈉：它是低成本的阻垢劑。缺點是不穩定，混合困難。實際上，如果它每三天不再混合一次，則六偏磷酸鹽會水解成磷酸鹽，在pH中性或堿性狀態下，會與鈣離子形成磷酸鈣沉淀，該傳統阻垢劑已日益被其它阻垢劑代替。
3、有機磷酸鹽：是在六偏磷酸鈉基礎上的改進，它更穩定，類似六偏磷酸鈉，具有阻垢和分散劑的作用，但又與六偏磷酸鈉不同，其官能基團互相吸引。
4、高分子量的聚丙烯酸酯：是最好的分散劑，不過，其阻垢性能方面不如低分子重量的丙烯酸酯。
5、混合阻垢劑：比單一化學阻垢劑具有的優點是：使用單一化學阻垢劑時，如果加入量太大，就可能導致阻垢劑與水中多價陽離子形成結垢析出；而對于混合阻垢劑，一種阻垢劑會阻止另一種阻垢劑的沉積，同時每種阻垢劑的單獨成分濃度也小些。
低分子量和高分子重量的聚丙烯酸酯的混合阻垢劑，既有良好的阻垢性能，也有較好的分散劑的性能；低分子重量的丙烯酸酯和有機磷酸鹽的混合阻垢劑，也具有良好的阻垢和分散劑的特性。
