1、當反滲透裝置入口和出口的壓差超過標準時，說明膜面已受污染或者是給水流量在設計值以上。如經流量調整尚不能解決壓差問題，則應對膜面進行清洗。
2、過量的給水流量將使膜組件提前劣化，因此給水流量不能超過設計標準值。此外濃水的流量應盡量避免小于設計標準值，在濃水流量過小的條件下運轉，會使反滲透裝置的壓力容器內發生不均勻的流動及由于過分濃縮而在膜組件上析出污垢。
3、反滲透裝置的高壓泵即使有極短的時間中斷運轉都可能使裝置發生故障。
4、醋酸纖維素膜的水解易造成反滲透裝置的性能惡化，為此，必須嚴格控制水的PH值，給水的PH值必須維持在5-6，而復合膜可以在給水PH3-PH11范圍下運行。
5、反滲透裝置停止時應用低壓給水置換反滲透裝置內的水。這是為了防止在停運時二氧化硅的析出（在冬季時水溫下降之故）。
6、當注入的次氯酸鈉量不足而使給水中的游離氯不能測出時，在反滲透裝置的膜組件上會有黏泥發生，反滲透裝置的壓差將增大。但對于復合膜和聚酰胺膜來講，必須嚴格控制進入膜組件的游離氯量，超過規定值將導致膜的氧化分解。
