反滲透設備中最常見的問題是脫鹽率的下降和產品水量的降低，如果二者或其中之一緩慢地降低，則可能是污垢或水垢產生的常見現象，可以通過適當的清洗來解決問題；而突然或快速的性能下降，則表明處理系統出了問題或操作失當。發生了問題，需要盡早解決，延誤時機會導致反滲透膜無法恢復原有的性能。
及時發現問題的先決條件是保存相應的記錄。當發現系統脫鹽率和產水量下降時，首先應該校正儀表，以避免因儀表原因而誤判。這些儀表包括電導率表、流量表、壓力表、溫度表等。其次，要對記錄的運行數據進行“標準化”。因溫度、進水TDS、回收率、使用年限和水通量等發生變化，都會引起脫鹽率和產水量的變化。通過計算得到標準化的產水量和脫鹽率，然后與初始的運行數據進行比較，確認系統有無故障。
反滲透裝置在長期運行中，膜表面會逐漸積累各種污染物，如膠體、微生物、無機物垢、金屬氧化物等。這些物質沉積在膜表面上，會引起反滲透裝置性能的下降。為了恢復膜的性能，需對膜進行化學清洗和消毒。
