1、操作不當引起反滲透膜的損害，這個是經常出現的問題，也是最不好解決的問題，建議用戶都要經過系統的培訓，才能操作設備。最常見的問題就是關機時的方法不對，在關閉設備之前沒有進行徹底沖洗，因為膜的一側無機鹽的濃度要高于原水，很容易結垢而損害膜元件，如果長期不管，會導致水處理效率降低，產水量下降。另外在進行預處理沖洗的時候，如果清洗不干凈也會導致膜元件的污染。
2、因反滲透設備中有大量的殘留氣體在高壓下運行，形成氣錘會損害膜元件。設備排空后,重新運行時,氣體沒有排盡就快速升壓運行。應在2～4bar的壓力下將余下的空氣排盡后,再逐步升壓運行。
3、當預處理供水不足時,如微濾發生堵塞,預處理系統與高壓泵之間的接頭密封不好或漏水(尤其是微濾器及其后的管道漏水)，在密封不好的地方由于真空會吸進部分空氣。應清洗或更換微濾器,保證管道不漏水。總之,應在流量計中沒有氣泡的情況下逐步升壓運行,運行中發現氣泡應逐漸降壓檢查原因。
4、反滲透設備設有加藥系統，有時候會出現個別情況就是加藥箱不運作，或者是藥劑沒了，這樣膜元件有可能會被堵塞及結垢，對膜元件造成污染。影響膜元件的使用時間。
