還要注重膜的保護，反滲透膜跟著運轉時刻的延長，總會遭到必定程度的污染，形成膜的功能闌珊，單位膜面積的透水量下降。所以，為了確保淡水水質，除了采取以上辦法之外，還應定期替換必定數量的膜組件。
在反滲透設備除鹽過程中，因為水不斷透過膜，從而使膜表面上的鹽水和進口鹽水之間發生一個濃度差，這種表象為濃差極化。濃差極化會使鹽水的滲透壓加大，有用推動力減小，以致形成透水速度和除鹽率下降。別的可能導致某些微溶性鹽類在膜表面上分出。因此在運轉中應選用高進水流速，堅持鹽水脷的水流呈紊流狀況，盡里削減濃差極化。
